Τα νερά, στην έξοδο του Πολιχνίτου προς Βατερά, στις εγκαταστάσεις των θερμοπηγών, αναβλύζουν από πολλές πηγές, μέσα από ηφαιστειογενή πρωτογενή και δευτερογενή πορώδη πετρώματα. Νερό που τρέχει ελεύθερο και αχνίζει, βάφοντας κόκκινο τον πυθμένα από θερμόφιλα ζωύφια (φύκι) που αναπτύσσονται. Η θερμοκρασία τους είναι μεταξύ 67°C και 92°C (η θερμοκρασία στους λουτήρες είναι μεταξύ 42°C και 44°C) θεωρούνται δε από τις θερμότερες της Ευρώπης.

Βάση της φυσικοχημικής τους σύστασης, τα Ιαματικά νερά Πολιχνίτου κατατάσσονται στην ομάδα των χλωρονατριούχων πηγών. Το νερό είναι διαυγές, άοσμο και εμπλουτισμένο με φυσική ακτινοβολία ραδονίου 15-25Mu με οξυανθρακικά, χλωριούχα και θεϊκά άλατα ασβεστίου, νατρίου με ελεύθερο διοξείδιο του άνθρακα, με ενώσεις σιδήρου, μαγνησίου, μαγγανίου, οξυγόνο και ίχνη ιωδίου και βρωμίου.